Nhờ mối quan hệ hợp tác, trao đổi, mua bán với nhiều vườn động thực vật và các tổ chức khoa học quốc tế, bộ sưu tập động vật của Thảo Cầm Viên Sài Gòn ngày một thêm phong phú. Cho nên bên cạnh hàng chục loài có vú, hàng chục giống chim, nhiều giống bò sát và giống có cánh các loại, như: khỉ, gấu ngựa, gấu chó, hổ Đông Dương, hổ Bengal, báo hoa mai, báo lửa, sư tử, tinh tinh, ngựa vằn, linh dương, hươu, nai, heo rừng, mang, nhím, rùa, rái cá, voi châu Á, tê giác trắng, cá sấu hoa cà, cá sấu nước ngọt, trăn đất, công...Nhiều loài động vật mới lạ đã xuất hiện tại Thảo cầm viên như: vượn cáo, bò tót, sói xám, sói đỏ, hà mã (Hippopotamus amphibius), hà mã lùn (Choeropsis liberiensis), báo đốm Mỹ (Panthera onca), đà điểu châu Phi (Struthio camelus), hồng hạc (Phoenicopterus ruper ruper), đười ươi (Pongo pygmaeus), hươu cao cổ (Giraffa camelopardalis)...

Theo quy hoạch động vật giai đoạn 2013-2015 do Công ty TNHH MTV Thảo Cầm Viên Sài Gòn lập và duyệt, số lượng hổ giữ ở Sài Gòn là 14 con (gồm 10 con hổ vàng và bốn con hổ trắng), trong khi số lượng hổ mà Thảo Cầm Viên đang sở hữu là 16 con (gồm 11 con hổ vàng và năm con hổ trắng)[4].

Hiện nay, ở Thảo Cầm Viên Sài Gòn, ngoài những khu vực nuôi trồng cầm thú, cây cảnh và sưu tập phong lan, còn có khu dành cho trẻ em, cho người lớn vui chơi, giải trí...

Ngoài ra, trong Thảo Cầm Viên Sài Gòn còn có hai công trình kiến trúc đặc sắc khác, đó là Đền thờ vua Hùng dựng năm 1926 và Bảo tàng Lịch sử Việt Nam - Thành phố Hồ Chí Minh mở cửa từ

KHÔNG TỐT

Năm 2015, có nhiều thông tin cho rằng hổ ở Thảo cầm viên bị bỏ đói, bị cắt xén khẩu phần ăn nên gầy ốm, tê giác bị mài sừng ,,,,,,, nên sừng chúng bị mòn[5] và hiện nay có nhiều thông tin xung quanh việc hổ chết tại Thảo Cầm Viên Sài Gòn bị đem nấu cao nhưng lãnh đạo Vườn thú đã nhanh chóng chối bỏ những thông tin phản ánh này.[6]

Theo phản ảnh trên báo chí tháng 9 năm 2019, có sự thất vọng trong cách đối xử với các loài sinh vật, sự nhỏ hẹp của các chuồng và sự thiếu vệ sinh ở khu vực nuôi nhốt thú, tại khu vực chuồng voi, mùi xú uế bốc nồng nặc từ những bãi phân voi tồn đọng chưa được dọn. Trên các lối đi vào vườn thú, rải rác các vỏ bánh, kẹo của người tham quan vứt lại. Các cửa kính nhìn vào chuồng thú khá cáu bẩn, mờ mịt. Tại khu vực chuồng nuôi nhốt các loài bò sát như cá sấu hay các loài dưới nước sống trong những vũng nước bẩn, chật chội, tù đọng, không gian tù túng và thiếu vệ sinh khiến các sinh vật đang bị nuôi nhốt tại đây lờ đờ, thiếu sức sống, nhiều con vật gầy còm, nhiều khách đến từ nước ngoài bày tỏ sự phẫn nộ khi các loài thú nơi đây sống trong môi trường thiếu chất lượng.[7]